Ученые расширили словарь связывания белков с ДНК на 15 процентов
Международный проект Codebook/GRECO-BIT расширил известный словарь связывания белков с ДНК на 15 процентов, описав мотивы для 177 регуляторных белков человека. Результаты опубликованы в журнале Nature.
Ученые из России, Канады, Швейцарии, США и Германии определили, какие последовательности ДНК распознают малоизученные регуляторные белки. Специфичность 332 белков устанавливали пятью независимыми методами, работающими и в пробирке, и в живых клетках. Каждую модель связывания проверяли на данных, полученных другими методами для того же белка.
Надежные мотивы удалось описать для 177 белков, причем для большинства из них мотивы ранее не были известны. Общее число транскрипционных факторов человека с охарактеризованной специфичностью превысило 1400. Полученный каталог позволяет предсказывать, с какими участками генома связывается тот или иной регуляторный белок и как на это связывание влияют отдельные мутации.
Проект Codebook/GRECO-BIT — это масштабная международная коллаборация в области биоинформатики и молекулярной биологии, направленная на изучение специфичности связывания транскрипционных факторов с ДНК. Исследование поможет лучше понимать работу генов, изучать причины наследственных заболеваний и разрабатывать новые методы диагностики и лечения.
