Проект Codebook расширил словарь связывания белков с ДНК на 15 процентов
Международный проект Codebook/GRECO-BIT расширил известный словарь связывания белков с ДНК на 15 процентов, добавив около 130 новых мотивов. Ученые из России, Канады, Швейцарии, США и Германии охарактеризовали специфичность 332 регуляторных белков человека, что существенно дополняет карту управления генами и поможет точнее оценивать влияние генетических мутаций на заболевания. Результаты опубликованы в журнале Nature.
В ходе исследования авторы провели более 4000 экспериментов, сочетая методы in vitro и in vivo, и определили последовательности ДНК, которые распознают малоизученные транскрипционные факторы. Надежные мотивы удалось описать для 177 белков, причем для большинства из них они ранее не были известны. Общее число транскрипционных факторов человека с охарактеризованной специфичностью превысило 1400.
Полученный каталог позволяет предсказывать, с какими участками генома связывается каждый регуляторный белок и как на это влияют отдельные мутации. В геноме человека идентифицированы десятки тысяч ранее неизвестных, эволюционно консервативных сайтов связывания, преимущественно локализованных в промоторных областях генов. Это открывает новые возможности для понимания работы генов, исследования наследственных заболеваний и разработки методов диагностики и лечения.
В консорциум Codebook входят биоинформатики из Института белка РАН, включая доктора биологических наук Ивана Кулаковского и аспирантов Георгия Мещерякова и Андрея Буяна. Работа опубликована в Nature с DOI: 10.1038/s41586.
